Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC54Q8NEL0 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms