Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC21.31■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM28Q13263 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
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