Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
VPS28Q9UK41 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms