Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIMD1Q9UGP4 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIMD1Q9UGP4 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms