Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL18A1P39060 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL18A1P39060 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms