Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CUX1P39880 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
CUX1P39880 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CUX1P39880 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CUX1P39880 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CUX1P39880 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CUX1P39880 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CUX1P39880 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CUX1P39880 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CUX1P39880 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CUX1P39880 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CUX1P39880 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms