Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC9Q9Y3X0 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.3 ms