Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HIF3AQ9Y2N7 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms