Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CHD3Q12873 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
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CHD3Q12873 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
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CHD3Q12873 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
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CHD3Q12873 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC15.02■□□□□ -0
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CHD3Q12873 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CHD3Q12873 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
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CHD3Q12873 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CHD3Q12873 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
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