Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms