Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
PDLIM3Q53GG5 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
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