Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SYNE4Q8N205 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms