Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP4AQ9BY43 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP4AQ9BY43 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms