Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC3Q9BQI4 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms