Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
VPS4AQ9UN37 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms