Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP4O75161 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NPHP4O75161 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.9 ms