Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms