Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC21.29■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
ZNF541Q9H0D2 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms