Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC87Q9NVE4 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms