Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms