Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VSX1Q9NZR4 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VSX1Q9NZR4 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms