Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CUX1P39880 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CUX1P39880 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CUX1P39880 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CUX1P39880 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.37
CUX1P39880 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.37
CUX1P39880 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CUX1P39880 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CUX1P39880 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CUX1P39880 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CUX1P39880 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CUX1P39880 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CUX1P39880 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
CUX1P39880 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.3 ms