Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms