Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms