Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
USP53Q70EK8 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms