Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP3Q9Y6I4 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms