Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms