Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
MSX1P28360 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
MSX1P28360 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
MSX1P28360 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms