Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN9AQ15858 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN9AQ15858 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
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