Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
USP39Q53GS9 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
USP39Q53GS9 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms