Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
USP4Q13107 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
USP4Q13107 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
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