Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
BRCA1P38398 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
BRCA1P38398 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms