Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LHX3Q9UBR4 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms