Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
NUP88Q99567 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms