Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
COL3A1P02461 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms