Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
Ccdc88bQ4QRL3 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
Ccdc88bQ4QRL3 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC38.17■■■■□ 3.7
Ccdc88bQ4QRL3 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
Ccdc88bQ4QRL3 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
Ccdc88bQ4QRL3 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
Ccdc88bQ4QRL3 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.13■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC38.1■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC38.09■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC38.09■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC38.08■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC38.08■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.08■■■■□ 3.69
Ccdc88bQ4QRL3 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC38.06■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC38.05■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC38.02■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
Ccdc88bQ4QRL3 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC38■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC37.99■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC37.99■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.99■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC37.96■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC37.95■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
Ccdc88bQ4QRL3 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.91■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC37.9■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC37.89■■■■□ 3.66
Ccdc88bQ4QRL3 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC37.87■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC37.86■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.86■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.83■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.82■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC37.82■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC37.82■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.65
Ccdc88bQ4QRL3 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC37.81■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.81■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC37.79■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.64
Ccdc88bQ4QRL3 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.75■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.75■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC37.72■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
Ccdc88bQ4QRL3 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms