Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
COL6A1P12109 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms