Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms