Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms