Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN9AQ15858 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms