Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms