Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN4AP35499 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN4AP35499 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms