RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 FEZ2Q9UHY8 353 aaPredicted RBP15.61■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PACSIN2Q9UNF0 486 aaPredicted RBP15.61■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 ASF1AQ9Y294 204 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 R3HDM2Q9Y2K5 976 aaKnown RBP15.61■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PCSK5Q92824 1860 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 GRID2IPA4D2P6 1211 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 C9J4A7 227 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 OR2B3O76000 313 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CHRM5P08912 532 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CETN2P41208 172 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 GABRA4P48169 554 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CSE1LP55060 971 aaKnown RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PLEKHN1Q494U1 663 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 RAD9BQ6WBX8 426 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 LURAP1LQ8IV03 231 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 LRRC57Q8N9N7 239 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 FLVCR1-AS1Q8TAF5 88 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 STYXQ8WUJ0 223 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 LRRC45Q96CN5 670 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 SGSM3Q96HU1 749 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PPP1R2P1Q96PQ5 205 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 C19orf43Q9BQ61 176 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 TMEM121Q9BTD3 319 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 LRRC40Q9H9A6 602 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CASS4Q9NQ75 786 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 IMPACTQ9P2X3 320 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 DHCR7Q9UBM7 475 aaKnown RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CDYLQ9Y232 598 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 KLHL20Q9Y2M5 609 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PTRH2Q9Y3E5 179 aaKnown RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PCDHGB7Q9Y5F8 929 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 TCRBV7S2A1N4TA0A589 114 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 A1L4Q6 167 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CCDC162PA2VCL2 907 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 BHMG1C9JSJ3 638 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 H3BMH7 237 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 LIN7AO14910 233 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 OR1I1O60431 355 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CNOT3O75175 753 aaKnown RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 AP2A2O94973 939 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PTMAP06454 111 aaKnown RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 HBQ1P09105 142 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 MSNP26038 577 aaKnown RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 ACADLP28330 430 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 RRADP55042 308 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 MRGPREQ86SM8 312 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 RAB43Q86YS6 212 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 ZNF655Q8N720 491 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 OR52K1Q8NGK4 314 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 PRR7Q8TB68 274 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 SSC4DQ8WTU2 575 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 TCTN2Q96GX1 697 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 ALS2CR12Q96Q35 445 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 SMAD5Q99717 465 aaKnown RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 IFT80Q9P2H3 777 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 CIDEBQ9UHD4 219 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 G3BP2Q9UN86 482 aaKnown RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 USP9YO00507 2555 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 USP9XQ93008 2570 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-246ENST00000636228 A0A0U1RQJ8 604 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 MROH6A6NGR9 719 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 ISM1B1AKI9 464 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 PEBP1P30086 187 aaKnown RBP15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 FOXN2P32314 431 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SHMT2P34897 504 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 NSG1P42857 185 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 DCDP81605 110 aaKnown RBP15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SSPNQ14714 243 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SYTL3Q4VX76 610 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 TMTC1Q8IUR5 882 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 C2orf73Q8N5S3 287 aaPredicted RBP15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 TBRG4Q969Z0 631 aaKnown RBP eCLIP15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 PNPLA2Q96AD5 504 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 GBP5Q96PP8 586 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 PANX2Q96RD6 677 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 DPH2Q9BQC3 489 aaPredicted RBP15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 IRAK4Q9NWZ3 460 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SLC2A6Q9UGQ3 507 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 GPN3Q9UHW5 284 aaPredicted RBP15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 PADI2Q9Y2J8 665 aa15.58■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 A0A0J9YY10 115 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SLC5A10A0PJK1 596 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 GOLGA6L9A6NEM1 432 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 BTNL10A8MVZ5 291 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 AP2A1O95782 977 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 FTCDO95954 541 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 FTH1P02794 183 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 GSTM1P09488 218 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 FOLR3P41439 243 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 GSTM4Q03013 218 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 RHBDD2Q6NTF9 364 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 PEX26Q7Z412 305 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 TBC1D21Q8IYX1 336 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 DNAJC22Q8N4W6 341 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 CISD2Q8N5K1 135 aaKnown RBP15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 OR5K2Q8NHB8 316 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 SNRNP40Q96DI7 357 aaKnown RBP15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 DHRS4Q9BTZ2 278 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 ZBTB20Q9HC78 741 aaPredicted RBP15.57■□□□□ 0.08
CLN3-246ENST00000636228 POLG2Q9UHN1 485 aa15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19 ms