RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557005.1

SYNE2-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,804 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-223	ENST00000557005	PLEKHG6	Q3KR16	790 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	C5orf22	Q49AR2	442 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	LYPLAL1	Q5VWZ2	237 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	KIAA0930	Q6ICG6	404 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	NANOGP8	Q6NSW7	305 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	CILP2	Q8IUL8	1156 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	LILRA2	Q8N149	483 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TEX47	Q8TBZ9	253 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM110B	Q8TC76	370 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	GAB3	Q8WWW8	586 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	HDAC2	Q92769	488 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	ZFP42	Q96MM3	310 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TM6SF2	Q9BZW4	377 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	SLC22A4	Q9H015	551 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	SLC25A51	Q9H1U9	297 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	NANOG	Q9H9S0	305 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	AMBN	Q9NP70	447 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	MS4A12	Q9NXJ0	267 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	RHCG	Q9UBD6	479 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	RPS6KB2	Q9UBS0	482 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	AASS	Q9UDR5	926 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	USP22	Q9UPT9	525 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005		A0A1B0GW55	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	MYBPHL	A2RUH7	354 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	ARL5C	A6NH57	179 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	NIPSNAP2	O75323	286 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	UGT2B17	O75795	530 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	CHRNA1	P02708	482 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	OPN1SW	P03999	348 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DUX4L2	P0CJ85	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DUX4L3	P0CJ86	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DUX4L4	P0CJ87	422 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DUX4L5	P0CJ88	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DUX4L6	P0CJ89	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DUX4L7	P0CJ90	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	WEE1	P30291	646 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	CD68	P34810	354 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	SHMT2	P34897	504 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PLA2G16	P53816	162 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DIO3	P55073	304 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	HMGCS1	Q01581	520 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	ATP13A5	Q4VNC0	1218 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	ANXA8L1	Q5VT79	327 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM91A1	Q658Y4	838 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	C16orf62	Q7Z3J2	963 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DTX3	Q8N9I9	347 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PSD4	Q8NDX1	1056 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	OR4F6	Q8NGB9	312 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	FRS2	Q8WU20	508 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	KBTBD7	Q8WVZ9	684 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	USP7	Q93009	1102 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TMED9	Q9BVK6	235 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TNKS2	Q9H2K2	1166 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	SMURF1	Q9HCE7	757 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PAK1IP1	Q9NWT1	392 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	CMTM6	Q9NX76	183 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DUX4	Q9UBX2	424 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	ENOPH1	Q9UHY7	261 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DNMT3L	Q9UJW3	386 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	DHRS7	Q9Y394	339 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	RNF11	Q9Y3C5	154 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005		H0YAE9	185 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	NME4	O00746	187 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	OR1I1	O60431	355 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	IGSF6	O95976	241 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	EGFR	P00533	1210 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PGK1	P00558	417 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PFKM	P08237	780 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PCSK6	P29122	969 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PRKAG1	P54619	331 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	ARSF	P54793	590 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	MLLT10	P55197	1068 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TAS2R41	P59536	307 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	SCARB2	Q14108	478 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	CLCA4	Q14CN2	919 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	INTS6L	Q5JSJ4	861 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	BRMS1L	Q5PSV4	323 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	OR4F3	Q6IEY1	312 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	BHLHB9	Q6PI77	547 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	HDDC2	Q7Z4H3	204 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	SERPINA9	Q86WD7	417 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TMEM199	Q8N511	208 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TRPV3	Q8NET8	790 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	OR5AK3P	Q8NH89	298 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	STARD8	Q92502	1023 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TMEM203	Q969S6	136 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	CDCA5	Q96FF9	252 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	MYRFL	Q96LU7	910 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	FCRL5	Q96RD9	977 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	CGREF1	Q99674	301 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	OSBPL2	Q9H1P3	480 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	MED28	Q9H204	178 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TBC1D17	Q9HA65	648 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	MAT2B	Q9NZL9	334 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	EIF3K	Q9UBQ5	218 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	TCAF2	A6NFQ2	919 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	PLK4	O00444	970 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE2-223	ENST00000557005	FFAR2	O15552	330 aa		4.89	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26.9 ms