RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586792.5

ZNF540-204, Transcript of zinc finger protein 540, human

TSL 3 BASIC

Gene ZNF540, Length 564 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ZNF540-204	ENST00000586792	TNFRSF4	P43489	277 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	POLD2	P49005	469 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ALDH9A1	P49189	494 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	COPB1	P53618	953 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	POLR2F	P61218	127 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	YWHAZ	P63104	245 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PHC1	P78364	1004 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ZXDB	P98169	803 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CDK17	Q00537	523 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	AP1B1	Q10567	949 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	FOXO1	Q12778	655 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CDH18	Q13634	790 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	BYSL	Q13895	437 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SEMA3A	Q14563	771 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	DRAP1	Q14919	205 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	KRT31	Q15323	416 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	GEN1	Q17RS7	908 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	KLHL40	Q2TBA0	621 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	UAP1L1	Q3KQV9	507 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	KRTCAP3	Q53RY4	240 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	DCAF6	Q58WW2	860 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	KLHDC7A	Q5VTJ3	777 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	BROX	Q5VW32	411 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	OR6B2	Q6IFH4	312 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ANO7	Q6IWH7	933 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PMF1	Q6P1K2	205 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	DENND1B	Q6P3S1	775 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	RHBDF2	Q6PJF5	856 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	C11orf57	Q6ZUT1	292 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	USP45	Q70EL2	814 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ANKS1B	Q7Z6G8	1248 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SCD5	Q86SK9	330 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SLC47A2	Q86VL8	602 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF677	Q86XU0	584 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TMEM25	Q86YD3	366 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	OR8H3	Q8N146	312 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SCML4	Q8N228	414 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CPXM2	Q8N436	756 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ALLC	Q8N6M5	410 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF610	Q8N9Z0	462 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ATG16L2	Q8NAA4	619 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SPC24	Q8NBT2	197 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	HJURP	Q8NCD3	748 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ZBTB44	Q8NCP5	570 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	BRSK1	Q8TDC3	778 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	UTP15	Q8TED0	518 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MAML1	Q92585	1016 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	JADE3	Q92613	823 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	HTRA1	Q92743	480 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	HMCES	Q96FZ2	354 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MAEL	Q96JY0	434 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	HAPLN3	Q96S86	360 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	STK33	Q9BYT3	514 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SLC2A11	Q9BYW1	496 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TRIM5	Q9C035	493 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CIPC	Q9C0C6	399 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SEPT11	Q9NVA2	429 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	INTS10	Q9NVR2	710 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	UTP6	Q9NYH9	597 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PLK2	Q9NYY3	685 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	COX16	Q9P0S2	106 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	STAP1	Q9ULZ2	295 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MMP17	Q9ULZ9	603 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CNTN6	Q9UQ52	1028 aa		4.73	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF318	Q5VUA4	2279 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TCRBV21S2A2	A0A5A6	115 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SYCE3	A1L190	88 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CCDC78	A2IDD5	438 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	POM121B	A6NF01	834 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	LRRC14B	A6NHZ5	514 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SHISA7	A6NL88	538 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	LGALS16	A8MUM7	142 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792		F5H5T6	163 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	NPC1	O15118	1278 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	DOK2	O60496	412 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SYNCRIP	O60506	623 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	RHOBTB1	O94844	696 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	GOSR1	O95249	250 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MOCS3	O95396	460 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	LSM8	O95777	96 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CAVIN2	O95810	425 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CALCA	P01258	141 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PNMA6A	P0CW24	399 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CYP11B1	P15538	503 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	HTR1B	P28222	390 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	EPHB2	P29323	1055 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	NTSR1	P30989	418 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CCKAR	P32238	428 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CCR1	P32246	355 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	HADHA	P40939	763 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CD86	P42081	329 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	GPD2	P43304	727 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PXN	P49023	591 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PGF	P49763	221 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SULT1E1	P49888	294 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CLCN2	P51788	898 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ITGA8	P53708	1063 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ST8SIA6	P61647	398 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	VAMP2	P63027	116 aa		4.72	□□□□□ -1.65

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 47.1 ms