RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	UBA6	A0AVT1	1052 aa	Predicted RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	OR2AG2	A6NM03	316 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	SEMA7A	O75326	666 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CCL11	P51671	97 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	MPP3	Q13368	585 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	MSLN	Q13421	630 aa	Predicted RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	INPP5J	Q15735	1006 aa	Predicted RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	LONRF2	Q1L5Z9	754 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF658B	Q4V348	819 aa	Predicted RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TMTC4	Q5T4D3	741 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ZFYVE27	Q5T4F4	411 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	JMJD6	Q6NYC1	403 aa	Predicted RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	FAM151B	Q6UXP7	276 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	RFX6	Q8HWS3	928 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	RHOT1	Q8IXI2	618 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF567	Q8N184	647 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	OR8K1	Q8NGG5	319 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF398	Q8TD17	642 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TFB1M	Q8WVM0	346 aa	Known RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	SMAD5	Q99717	465 aa	Known RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PITPNM3	Q9BZ71	974 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ACSS2	Q9NR19	701 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	SAE1	Q9UBE0	346 aa	Predicted RBP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TCFL5	Q9UL49	500 aa		16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	UCHL5	Q9Y5K5	329 aa	Known RBP eCLIP	16	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	OR6C74	A6NCV1	312 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ARGFX	A6NJG6	315 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	MATN2	O00339	956 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	AGFG2	O95081	481 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	DDAH2	O95865	285 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	KRT1	P04264	644 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	KLK3	P07288	261 aa	Predicted RBP	15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	RNF224	P0DH78	156 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PECAM1	P16284	738 aa	Predicted RBP	15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	VARS	P26640	1264 aa	Known RBP	15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	NDUFS1	P28331	727 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ARL4D	P49703	201 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TPM4	P67936	248 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	XIAP	P98170	497 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ADCY2	Q08462	1091 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ABR	Q12979	859 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CHAF1B	Q13112	559 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TFDP2	Q14188	446 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ESPL1	Q14674	2120 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF385C	Q66K41	422 aa	Predicted RBP	15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	FAM198B	Q6UWH4	519 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	RANBP10	Q6VN20	620 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM126B	Q8IUX1	230 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM102	Q8N9M5	508 aa	Predicted RBP	15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CPT1B	Q92523	772 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	MR1	Q95460	341 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	RMDN2	Q96LZ7	410 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PPM1M	Q96MI6	270 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	WWP1	Q9H0M0	922 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	IMP3	Q9NV31	184 aa	Known RBP	15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PCMTD2	Q9NV79	361 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	HIVEP3	Q5T1R4	2406 aa		15.99	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	C17orf113	A0A1B0GUU1	675 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	SEC16A	O15027	2179 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	DPM1	O60762	260 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM63A	O94886	807 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	HADHB	P55084	474 aa	Known RBP	15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ITGA1	P56199	1179 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	XRCC4	Q13426	336 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PLCL1	Q15111	1095 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PPP2R5E	Q16537	467 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	FNBP1L	Q5T0N5	605 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	HIST2H2BC	Q6DN03	193 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	MED25	Q71SY5	747 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	GLT6D1	Q7Z4J2	308 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ZBTB2	Q8N680	514 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	RBMXL3	Q8N7X1	1067 aa	Known RBP	15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ENDOV	Q8N8Q3	282 aa	Known RBP	15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	FDCSP	Q8NFU4	85 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PCSK5	Q92824	1860 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PNPLA2	Q96AD5	504 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	C12orf66	Q96MD2	445 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	DPH2	Q9BQC3	489 aa	Predicted RBP	15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	GORASP1	Q9BQQ3	440 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CCM2	Q9BSQ5	444 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	NUDT9	Q9BW91	350 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	IFNK	Q9P0W0	207 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	C5AR2	Q9P296	337 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	INTU	Q9ULD6	942 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	PKP3	Q9Y446	797 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CFAP20	Q9Y6A4	193 aa	Known RBP	15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	COLEC10	Q9Y6Z7	277 aa		15.98	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CENPE	Q02224	2701 aa		15.97	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	TCP11X1	B4DZS4	312 aa		15.97	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100		H3BMH7	237 aa		15.97	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	CST8	O60676	142 aa		15.97	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	MSH3	P20585	1137 aa		15.97	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	ADRA1A	P35348	466 aa		15.97	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	VAV2	P52735	878 aa		15.97	■□□□□ 0.15
CLN3-255	ENST00000637100	DYNLT1	P63172	113 aa		15.97	■□□□□ 0.15

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