RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000539982.5

CLSTN3-209, Transcript of calsyntenin 3, humanhuman

TSL 4

Gene CLSTN3, Length 570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLSTN3-209ENST00000539982 TCF4P15884 667 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 VCLP18206 1134 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CCNCP24863 283 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 HALP42357 657 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 GALNT2Q10471 571 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 NAA30Q147X3 362 aaPredicted RBP11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 GPR19Q15760 415 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CRB2Q5IJ48 1285 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 DNTTIP2Q5QJE6 756 aaKnown RBP11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CCDC122Q5T0U0 273 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 VWA5B1Q5TIE3 1220 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ALS2CLQ60I27 953 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 C11orf96Q7Z7L8 435 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 DSELQ8IZU8 1212 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TEKT4Q8WW24 435 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CPT1BQ92523 772 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 SGSM3Q96HU1 749 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TSGA13Q96PP4 275 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ERGIC2Q96RQ1 377 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 NUP85Q9BW27 656 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MRPL47Q9HD33 250 aaKnown RBP11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 LATS2Q9NRM7 1088 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 FANCLQ9NW38 375 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 NFKBIL1Q9UBC1 381 aaPredicted RBP11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ENTPD4Q9Y227 616 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 COPG1Q9Y678 874 aaKnown RBP11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 SCINQ9Y6U3 715 aa11.37□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TLCD2A6NGC4 264 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 LGALS16A8MUM7 142 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MTX2O75431 263 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ZBTB11O95625 1053 aaPredicted RBP11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 HLA-DQB2P05538 268 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MMP2P08253 660 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 UBXN1Q04323 297 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CDK18Q07002 472 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 RAPSNQ13702 412 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 IFI16Q16666 785 aaKnown RBP11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TMTC4Q5T4D3 741 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 FAM69BQ5VUD6 431 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 SP5Q6BEB4 398 aaPredicted RBP11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TXNRD3NBQ6F5E7 133 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 IGFL3Q6UXB1 125 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TMC3Q7Z5M5 1100 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CARFQ8N187 725 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CLIP3Q96DZ5 547 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 HRASLS2Q9NWW9 162 aa11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 LIMA1Q9UHB6 759 aaKnown RBP11.36□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 POLEQ07864 2286 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ARHGAP10A1A4S6 786 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 OR5K3A6NET4 321 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 LRRC10BA6NIK2 292 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 F5H423 210 aaPredicted RBP11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MFSD11O43934 449 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 KLHL41O60662 606 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CAPN1P07384 714 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 RORAP35398 523 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 CD86P42081 329 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TMEM115Q12893 351 aaPredicted RBP11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MMRN1Q13201 1228 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ATP1A4Q13733 1029 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 PIGHQ14442 188 aaPredicted RBP11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 KRT81Q14533 505 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 PAFAH1B3Q15102 231 aaKnown RBP11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 PLCL1Q15111 1095 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 RPE65Q16518 533 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 KHDC1Q4VXA5 237 aaKnown RBP11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 PRAMEF17Q5VTA0 474 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 LYPLAL1Q5VWZ2 237 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ANKRD20A12PQ8NF67 263 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 GPR150Q8NGU9 434 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 FAM71BQ8TC56 605 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ZNF653Q96CK0 615 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 XPO4Q9C0E2 1151 aaKnown RBP11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ILKAPQ9H0C8 392 aaPredicted RBP11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MAGEE1Q9HCI5 957 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MYO1AQ9UBC5 1043 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MYO6Q9UM54 1294 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 SHOC2Q9UQ13 582 aa11.35□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 LRRTM2O43300 516 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ALPPP05187 535 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 MYBL1P10243 752 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 GRNP28799 593 aaKnown RBP11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 HNRNPH3P31942 346 aaKnown RBP11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 GLRBP48167 497 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 PER3P56645 1201 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 DMPKQ09013 629 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 GTF2H3Q13889 308 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 GALNT3Q14435 633 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ZRSR2Q15696 482 aaKnown RBP11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 KYNUQ16719 465 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 NCBP2-AS2Q69YL0 99 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 AMZ2Q86W34 360 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 OOSP2Q86WS3 158 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 RAB43Q86YS6 212 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TRAPPC5Q8IUR0 188 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 TTC30BQ8N4P2 665 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ST6GALNAC3Q8NDV1 305 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 BRSK1Q8TDC3 778 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa11.34□□□□□ -0.59
CLSTN3-209ENST00000539982 ZFPM2Q8WW38 1151 aa11.34□□□□□ -0.59
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.5 ms