RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472398.5

TTC3-214, Transcript of tetratricopeptide repeat domain 3, human

TSL 1 (best)

Gene TTC3, Length 2,305 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TTC3-214	ENST00000472398	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KIAA0391	O15091	583 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GRM6	O15303	877 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF264	O43296	627 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	TBX19	O60806	448 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KRT36	O76013	467 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ALX3	O95076	343 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ZFPL1	O95159	310 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	SIX3	O95343	332 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GBA	P04062	536 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GNAI2	P04899	355 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KRT8	P05787	483 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	FABP1	P07148	127 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KRT16	P08779	473 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CYP4B1	P13584	511 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GABRB1	P18505	474 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	NCF2	P19878	526 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	NT5E	P21589	574 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	NME2	P22392	152 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PON1	P27169	355 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	YWHAQ	P27348	245 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	OXTR	P30559	389 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	HTR7	P34969	479 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GSTM5	P46439	218 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CEBPD	P49716	269 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CLCN7	P51798	805 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	HNRNPF	P52597	415 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	MANF	P55145	182 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PTEN	P60484	403 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	IRF8	Q02556	426 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	LRRC63	Q05C16	580 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CACNG1	Q06432	222 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	BST1	Q10588	318 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ABR	Q12979	859 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	STX5	Q13190	355 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	MAB21L1	Q13394	359 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	DYNC1I2	Q13409	638 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	TUSC3	Q13454	348 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	TP53BP2	Q13625	1128 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	FGL2	Q14314	439 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PGM5	Q15124	567 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GALNTL6	Q49A17	601 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GTDC1	Q4AE62	458 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KLHL26	Q53HC5	615 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ACTBL2	Q562R1	376 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PRAMEF8	Q5VWM4	474 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	BSPRY	Q5W0U4	402 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF470	Q6ECI4	717 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CLEC6A	Q6EIG7	209 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GRAMD4	Q6IC98	578 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	SERPINA13P	Q6UXR4	307 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	FRA10AC1	Q70Z53	315 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	FAM122B	Q7Z309	247 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF551	Q7Z340	670 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KCTD20	Q7Z5Y7	419 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	RTN4RL2	Q86UN3	420 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CYP4Z1	Q86W10	505 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PHYKPL	Q8IUZ5	450 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KBTBD2	Q8IY47	623 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	TIGD4	Q8IY51	512 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	FBXL16	Q8N461	479 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	IL22RA1	Q8N6P7	574 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	DCBLD1	Q8N8Z6	715 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	RASGEF1A	Q8N9B8	481 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	OR10H4	Q8NGA5	316 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	NRG4	Q8WWG1	115 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PIGB	Q92521	554 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	MRGPRF	Q96AM1	343 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF668	Q96K58	619 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PARK7	Q99497	189 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	MRPL1	Q9BYD6	325 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	TLR8	Q9NR97	1041 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ONECUT1	Q9UBC0	465 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CGGBP1	Q9UFW8	167 aa	Predicted RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	KCNN3	Q9UGI6	736 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	WARS2	Q9UGM6	360 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	SIX4	Q9UIU6	781 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	RBMX2	Q9Y388	322 aa	Known RBP	3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	RNF215	Q9Y6U7	377 aa		3.2	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398		A0A087WUV0	522 aa	Predicted RBP	3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	FAM90A20P	A6NIJ5	464 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF839	A8K0R7	811 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PRSS44	E7EML9	344 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	SNAP23	O00161	211 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	SLC9A3R1	O14745	358 aa	Predicted RBP	3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	HGS	O14964	777 aa	Predicted RBP	3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CHUK	O15111	745 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	POLR1C	O15160	346 aa	Predicted RBP	3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	DCX	O43602	365 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CCNT2	O60583	730 aa	Known RBP	3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	PFDN1	O60925	122 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	SCN2B	O60939	215 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	GPR32	O75388	356 aa		3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CSDE1	O75534	798 aa	Known RBP	3.19	□□□□□ -1.9
TTC3-214	ENST00000472398	CNTN5	O94779	1100 aa		3.19	□□□□□ -1.9

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39.5 ms