RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000504788.5

LMNB1-208, Transcript of lamin B1, human

TSL 2

Gene LMNB1, Length 1,801 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMNB1-208	ENST00000504788	DYNC1LI1	Q9Y6G9	523 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788		U3KQA8	63 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	MEI4	A8MW99	385 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	VEGFD	O43915	354 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PCDHGA12	O60330	932 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	GDF9	O60383	454 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CBFA2T3	O75081	653 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	GPC4	O75487	556 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PIAS2	O75928	621 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SLC25A14	O95258	325 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	TSPAN12	O95859	305 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ABHD2	P08910	425 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	GSTA2	P09210	222 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ZNF883	P0CG24	379 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	BRAF	P15056	766 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	H2AFX	P16104	143 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ENG	P17813	658 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	NSG1	P42857	185 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	MAGEA12	P43365	314 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CLCN7	P51798	805 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CLCNKA	P51800	687 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	BNIP3	Q12983	259 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CAMK2B	Q13554	666 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	LAMB3	Q13751	1172 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SLC29A2	Q14542	456 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SF3A2	Q15428	464 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SMAD1	Q15797	465 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	LONRF1	Q17RB8	773 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	HLA-B	Q31612	363 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ZNF542P	Q5EBM4	170 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	DNAJC21	Q5F1R6	531 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	BEND6	Q5SZJ8	279 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	RBM20	Q5T481	1227 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ZNF470	Q6ECI4	717 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	TMEM207	Q6UWW9	146 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CERS6	Q6ZMG9	384 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	FAM83H	Q6ZRV2	1179 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	KIAA0408	Q6ZU52	694 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	MARK2	Q7KZI7	788 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PARG	Q86W56	976 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ZC3HC1	Q86WB0	502 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	DCP2	Q8IU60	420 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PHYKPL	Q8IUZ5	450 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	LMNTD2	Q8IXW0	634 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	RGL4	Q8IZJ4	473 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	IQCK	Q8N0W5	287 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	BEND7	Q8N7W2	519 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	FBF1	Q8TES7	1133 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PYROXD1	Q8WU10	500 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SNX19	Q92543	992 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	UBXN4	Q92575	508 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ATOH1	Q92858	354 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ISL2	Q96A47	359 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SGF29	Q96ES7	293 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	INSM2	Q96T92	566 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	C1QTNF7	Q9BXJ2	289 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	TMEM168	Q9H0V1	697 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	IRF2BPL	Q9H1B7	796 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	MIR1-1HG	Q9H1L0	117 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	OR2AG1	Q9H205	316 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PHPT1	Q9NRX4	125 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SEMA4G	Q9NTN9	838 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CATSPERZ	Q9NTU4	200 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	DNAAF2	Q9NVR5	837 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	TRNAU1AP	Q9NX07	287 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CAMSAP3	Q9P1Y5	1249 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SUSD2	Q9UGT4	822 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	FBXO5	Q9UKT4	447 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PCOLCE2	Q9UKZ9	415 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SUFU	Q9UMX1	484 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ANKRD12	Q6UB98	2062 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ADAMTS20	P59510	1910 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SPTBN4	Q9H254	2564 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PTPRZ1	P23471	2315 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SLC5A10	A0PJK1	596 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CCDC151	A5D8V7	595 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	OR2AG2	A6NM03	316 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	IQCF5	A8MTL0	148 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PRR5-ARHGAP8	B1AHC4	643 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PRMT5	O14744	637 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CASC3	O15234	703 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SPAG6	O75602	509 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	FAM155B	O75949	473 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CDK14	O94921	469 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	SHBG	P04278	402 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	NUDT17	P0C025	328 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	TPBGL	P0DKB5	382 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CD59	P13987	128 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ATP1B2	P14415	290 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ITGAL	P20701	1170 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	DGKA	P23743	735 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	AK4	P27144	223 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	EPHA8	P29322	1005 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	CCR7	P32248	378 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	HSD17B3	P37058	310 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	DPP6	P42658	865 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	ABCG1	P45844	678 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	TTPA	P49638	278 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LMNB1-208	ENST00000504788	PMS2	P54278	862 aa		4.86	□□□□□ -1.63

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