RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 MEGF6O75095 1541 aa34.88■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 NBPF6Q5VWK0 638 aa34.87■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 SYTL4Q96C24 671 aaPredicted RBP34.87■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 NBPF4Q96M43 638 aa34.87■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 ARXQ96QS3 562 aa34.85■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 CDCA8Q53HL2 280 aa34.84■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 NSD2O96028 1365 aa34.84■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 SHANK3Q9BYB0 1731 aa34.84■■■■□ 3.17
PTPRF-216ENST00000617451 CGNL1Q0VF96 1302 aa34.81■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 DOT1LQ8TEK3 1739 aa34.81■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 KCNQ4P56696 695 aa34.8■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 USHBP1Q8N6Y0 703 aa34.8■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 SLC16A10Q8TF71 515 aa34.8■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP34.8■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 MAP3K5Q99683 1374 aa34.78■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa34.78■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa34.78■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa34.78■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 INSRP06213 1382 aa34.77■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 QSER1Q2KHR3 1735 aa34.77■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa34.76■■■■□ 3.16
PTPRF-216ENST00000617451 LY75O60449 1722 aa34.75■■■■□ 3.15
PTPRF-216ENST00000617451 CARD14Q9BXL6 1004 aa34.75■■■■□ 3.15
PTPRF-216ENST00000617451 FLT4P35916 1363 aa34.74■■■■□ 3.15
PTPRF-216ENST00000617451 KIF24Q5T7B8 1368 aa34.74■■■■□ 3.15
PTPRF-216ENST00000617451 KIF20BQ96Q89 1820 aa34.74■■■■□ 3.15
PTPRF-216ENST00000617451 TATP17735 454 aaPredicted RBP34.73■■■■□ 3.15
PTPRF-216ENST00000617451 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP34.71■■■■□ 3.15
PTPRF-216ENST00000617451 POLD1P28340 1107 aa34.68■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 COL24A1Q17RW2 1714 aa34.68■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa34.68■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa34.68■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 NSD3Q9BZ95 1437 aa34.67■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa34.67■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa34.67■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa34.65■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP34.64■■■■□ 3.14
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF784Q8NCA9 323 aaPredicted RBP34.63■■■■□ 3.13
PTPRF-216ENST00000617451 CYP27B1O15528 508 aa34.61■■■■□ 3.13
PTPRF-216ENST00000617451 KLHL34Q8N239 644 aa34.6■■■■□ 3.13
PTPRF-216ENST00000617451 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP34.59■■■■□ 3.13
PTPRF-216ENST00000617451 CHD4Q14839 1912 aa34.59■■■■□ 3.13
PTPRF-216ENST00000617451 GPR162Q16538 588 aa34.58■■■■□ 3.13
PTPRF-216ENST00000617451 NCAPD2Q15021 1401 aa34.57■■■■□ 3.13
PTPRF-216ENST00000617451 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa34.57■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP34.56■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 PALLDQ8WX93 1383 aa34.55■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 MSH5O43196 834 aa34.55■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 WASHC2AQ641Q2 1341 aa34.55■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 CLSPNQ9HAW4 1339 aa34.55■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 HMGB2P26583 209 aaKnown RBP34.54■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 PKD1L3Q7Z443 1732 aa34.52■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa34.52■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 NLGN2Q8NFZ4 835 aa34.52■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 C5P01031 1676 aa34.51■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP34.51■■■■□ 3.12
PTPRF-216ENST00000617451 SMARCC1Q92922 1105 aaPredicted RBP34.5■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa34.5■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 EYA1Q99502 592 aa34.49■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 SPG7Q9UQ90 795 aa34.49■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 FLAD1Q8NFF5 587 aa34.48■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 POLKQ9UBT6 870 aa34.48■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 ITGB4P16144 1822 aa34.47■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 PIGBQ92521 554 aa34.47■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP34.46■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 TAF1LQ8IZX4 1826 aa34.46■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 MSL1Q68DK7 614 aa34.46■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP34.46■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 PCGF6Q9BYE7 350 aa34.46■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP34.46■■■■□ 3.11
PTPRF-216ENST00000617451 POLR3GLQ9BT43 218 aa34.43■■■■□ 3.1
PTPRF-216ENST00000617451 C4BP0C0L5 1744 aa34.4■■■■□ 3.1
PTPRF-216ENST00000617451 AK7Q96M32 723 aa34.39■■■■□ 3.1
PTPRF-216ENST00000617451 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP34.38■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 AMIGO3Q86WK7 504 aa34.38■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 PHKG2P15735 406 aa34.37■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP34.37■■■■□ 3.094e-7■□□□□ 8.4
PTPRF-216ENST00000617451 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP34.37■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 IFNL2Q8IZJ0 200 aa34.37■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa34.36■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 SIK1P57059 783 aa34.36■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 TMOD3Q9NYL9 352 aa34.36■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 GRIN3BO60391 1043 aa34.35■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 CD2APQ9Y5K6 639 aa34.35■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP34.34■■■■□ 3.095e-7■■■■■ 27
PTPRF-216ENST00000617451 ASAP1Q9ULH1 1129 aa34.33■■■■□ 3.09
PTPRF-216ENST00000617451 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP34.32■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 LINC00116Q8NCU8 138 aa34.32■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 PLEKHG2Q9H7P9 1386 aa34.32■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 UBR3Q6ZT12 1888 aa34.31■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP34.31■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 SMIM5Q71RC9 77 aa34.31■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 PANK3Q9H999 370 aa34.31■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 PHF14O94880 888 aa34.3■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 SSFA2P28290 1259 aa34.3■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 C1QTNF8P60827 252 aa34.3■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 IGSF1Q8N6C5 1336 aa34.29■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 ITPK1Q13572 414 aa34.28■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 ATG3Q9NT62 314 aa34.27■■■■□ 3.08
PTPRF-216ENST00000617451 ATP6V1AP38606 617 aa34.26■■■■□ 3.08
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